Panorama del covid en Mexico
(Texto sin acentos)
Descripcion
Este es un post corto. Mi intencion aqui es comartir los resultados y el codigo, mas que explicar como funciona el modelo.
En breve, para hoy es sabido que la dinamica del covid puede describirse bastante bien con un modelo de crecimiento generalizado. Las detalles matematicos pueden encontrarse, por ejemplo, aqui. Si queremos modelar el crecimiento de la epidemia en una region especifica, al mismo tiempo que queremos compartir informacion entre distintas regiones, la mejor opcion es un modelo jerarquico bayesiano.
En esta pagina encontre los datos sobre el numero de casos diarios de coronavirus en Mexico. La informacion esta disponible por estado. Escribi el codigo para un modelo jerarquico bayesiano en Stan, en el que el numero de casos diarios en cada estado es descrito por una curva de crecimiento. Los resultados estan abajo.
Si quieres reproducir estos resultados en tu computadora, todo el codigo y los datos estan aqui.
Antes de brincar a conclusiones, considero produnte compartir que
- En ningun momento me he cuestionado si los datos reportados son reales o no. Tal vez haya muchos mas casos sin ser reportados, pero no tengo forma de saber eso.
- Los datos muestran muchos ceros al principio de la pandemia y tambien en los dias mas recientes. Entiendo esto como que los datos estan incompletos asi que ignore intencionalmente todos los dias en los que el reporte aparce como
0. Tambien ignore los datos de la ultima semana, ya que se ven sospechosamente bajos. - A pesar de esto, es posible que la bajada en el numero de casos en los ultimos dias se deba a que los datos estan incompletos y no a que en verdad estan disminuyendo los casos. Interpreta mis resultado con prudencia y escepticismo.
- Mi intencion con este post no es dar un pronostico acertado del futuro, sino simplemente compartir las bases de un modelo con el que tal vez tu quieras experimentar y extender.
- El pronostico podria cambiar drasticamente en los siguientes dias.
Resultados
Los puntos negros son los datos reportados. La region gris es la curva de crecimento, se muestra el intervalo de predicciones con 95% de confianza. La linea punteada vertical muestra la fecha en la que el modelo fue calibrado.
Pagina 1
Pagina 2
Estimados finales
Esta grafica muestra el numero de casos reportados que cada estado habra tenido al final de la epidemia (tambien con un 95% de confianza). Se muestra tambien la situacion actual.
Comentarios
No me considero con la autoridad de dar recomendaciones de comportamiento en cuanto a la pandemia, pero al mismo tiempo consideraria irresponsable publicar esto sin algun comentario al respecto. Mexico parece estar en el pico de la epidemia. Sigue siendo muy importante que se sigan las recomendaciones de aislamiento y distanciamiento tanto como sea posible. Esta pandemia no es culpa de nadie, pero es responsabilidad de todos nosotros. Ponte mascarilla, lavate las manos, trabaja desde casa si es posible, y exhorta a otros a hacer lo mismo.
Tratare de actualizar estos datos una vez por semana y tal vez agregar otros mas. En algun otro post dare mas detalles de como funciona el modelo, pero por ahora considero urgente compartir esta informacion lo antes posible.